自 2002 年 7 月 1 日實施主要官員問責制後，政務司司長與財政司司長、律政司司長及各政策局局長，同屬政府最高層的官員，向行政長官負責。政務司司長是行政會議的成員，亦是可以臨時代理行政長官職務的三名司長中最高級的一位。

政務司司長協助行政長官，督導他所指定的決策局的工作，並在確保政策制訂和實施的協調上擔任重要角色。在涉及多個決策局的事務方面，這個角色尤見重要。政務司司長更主理行政長官的政策議程中的指定優先處理項目，加強與立法會緊密而有效的工作關係，並擬定政府立法議程的時間表。政務司司長亦執行法例賦予他的法定職能，包括處理上訴以及關於某些公共機構的運作等。