自 2002 年 7 月 1 日实施主要官员问责制后，政务司司长与财政司司长、律政司司长及各政策局局长，同属政府最高层的官员，向行政长官负责。政务司司长是行政会议的成员，亦是可以临时代理行政长官职务的三名司长中最高级的一位。

政务司司长协助行政长官，督导他所指定的决策局的工作，并在确保政策制订和实施的协调上担任重要角色。在涉及多个决策局的事务方面，这个角色尤见重要。政务司司长更主理行政长官的政策议程中的指定优先处理项目，加强与立法会紧密而有效的工作关系，并拟定政府立法议程的时间表。政务司司长亦执行法例赋予他的法定职能，包括处理上诉以及关于某些公共机构的运作等。